Covid-19 : le point sur les prescriptions des arrêts de travail

10 mars 2021

[Article mis à jour le 10 août 2021]
Un dispositif d’indemnisation des arrêts de travail dérogatoires pour certains publics a été créé dans le cadre de la crise sanitaire liée à la Covid-19. Les démarches et les conditions permettant d’être pris en charge n’obéissent pas aux règles habituelles de l’arrêt de travail. Ces arrêts dérogatoires ouvrent notamment le droit à une prise en charge sans carence et avec maintien de salaire.

Dans quel cas le médecin ne doit-il pas prescrire un arrêt de travail initial ?

Pour que ces conditions dérogatoires puissent s’appliquer au patient, le médecin ne doit prescrire aucun arrêt de travail initial dans les cas suivants :

  • le patient a été testé positif à la Covid-19 : il bénéficie alors d’un arrêt de travail prescrit directement par l’Assurance Maladie, lors du contact tracing ;
  • le patient est symptomatique et s’isole dans l’attente des résultats d’un test : il doit utiliser le téléservice declare.ameli (1) ;
  • le patient est cas contact recensé par l’Assurance Maladie ou informé par une notification de l’application TousAntiCovid : il doit utiliser le téléservice declare.ameli ;
  • le patient doit s’isoler au retour d’un déplacement pour motif impérieux : son employeur ou l'indépendant lui-même doit utiliser le téléservice declare.ameli ;
  • le patient doit garder son enfant à domicile : il peut utiliser le mail récapitulatif reçu par l’Assurance Maladie pour justifier d’une mise au chômage partiel auprès de son employeur ; ou, s’il est non-salarié, utiliser le téléservice declare.ameli (2) ;
  • le patient est vulnérable sans mesure de protection renforcée sur son lieu de travail : il doit utiliser le téléservice declare.ameli (3).

Dans quels cas le médecin peut-il prescrire un arrêt de travail ?

S’il le juge nécessaire, le médecin peut prescrire une prolongation d’un arrêt de travail si les symptômes de son patient persistent au-delà de la période d’isolement recommandée. Il peut s’agir par exemple d’un patient testé positif à la Covid-19 mais dont les symptômes au bout de 10 jours empêchent une reprise du travail. Un patient cas contact dont le test est négatif à l’issue de son isolement mais qui présente des symptômes de la Covid-19 pourrait également bénéficier d’une prolongation, le temps de faire un second test, si le médecin l’estime utile.

En revanche, un arrêt de travail dans le prolongement de l’arrêt Covid mais pour un autre motif doit être prescrit comme arrêt initial.

Le cas des arrêts de travail pour les professionnels de santé

Personnes positives à la Covid-19

Les professionnels de santé et le personnel non soignant des établissements de santé testés positifs à la Covid-19 doivent obligatoirement s’isoler pendant 10 jours, y compris les personnes asymptomatiques. Selon la situation du patient, l’arrêt peut être prescrit par le médecin du travail ou l’Assurance Maladie dans le cadre du contact tracing.

Personnes à haut risque

Aucun arrêt de travail relevant de ce dispositif dérogatoire ne peut être délivré à des personnels soignants par le téléservice declare.ameli. Leur situation doit être évaluée au cas par cas en lien avec la médecine du travail de l'établissement.
Il s’agit des soignants salariés des établissements de santé et des établissements médico-sociaux, en contact direct avec les personnes accueillies ou hébergées pour leur apporter des soins ou une aide à l'accomplissement des actes de la vie quotidienne.

Cas contact sans symptôme

Le personnel soignant ou non soignant d'un établissement de santé, d'un établissement médico-social ou d'un centre de l'Établissement français du sang peut, sous certaines conditions, bénéficier d’une dérogation à l’isolement. Ces personnes doivent prendre contact avec leur employeur ou la médecine du travail de leur établissement.

Pour les professionnels de santé de ville (libéral ou salarié) ou le personnel d'une structure ambulatoire (cabinet médical, officine de ville, centre de santé, laboratoires de biologie médicale, transporteur sanitaire…) ou d'une structure relevant de l'accompagnement social et médico-social à domicile (SAAD, SSIAD, Spasad), une demande d'arrêt dérogatoire est possible si la mise en arrêt de toutes les personnes contact à risque ne compromet pas la conduite de l'activité de soins de ville ou l'accompagnement des personnes à domicile.

Afin de les protéger tout en permettant la continuité du service, ces professionnels doivent contacter leur employeur, le cas échéant, avant d'effectuer la démarche via le téléservice declare.ameli.

Comment aider les patients ?

Le médecin a un rôle essentiel pour expliquer les règles sanitaires à suivre, notamment l’isolement. Il doit orienter son patient vers le téléservice declare.ameli.fr pour faire une demande d’arrêt de travail dérogatoire : le patient pourra bénéficier du versement d’indemnités journalières et du complément employeur sans conditions d’ouverture ni délai de carence. À l’inverse, si le médecin prescrit l’arrêt de travail, le patient sera indemnisé au titre du droit commun, avec application de la carence et sans complément systématique de l'employeur.

Le médecin doit aussi rappeler l’importance de choisir le bon motif selon chaque situation dans le téléservice declare.ameli.

Consulter le mémo « Test, isolement et arrêt de travail – Covid-19 » (PDF) récapitulant les conduites à tenir en fonction de la situation des patients.

(1) Pour les assurés de la MSA rendez-vous sur msa.fr.

(2) Pour les assurés de la MSA rendez-vous sur https://declare.msa.fr

(3) Pour les assurés de la MSA rendez-vous sur le site https://declare2.msa.fr/z84cordecla/ria/#/accueil