Dans les formes d’aphtes sévères accompagnés d'autres symptômes (fièvre, fatigue, etc.) ou en cas de récidive très fréquente des aphtes, un examen médical est indispensable.

Un bilan complémentaire peut être utile pour rechercher la maladie en cause :

• bilan sanguin,
• biopsie de la lésion ulcérée et analyse anatomopathologique des fragments de tissus prélevés...

En plus du traitement, l'hygiène bucco-dentaire est essentielle avec un brossage des dents deux fois par jour avec une brosse à poils souples.

Dans les formes d’aphtes sévères responsables d'un inconfort ou récidivants (plusieurs poussées par an), le médecin prescrit :

• des antalgiques si nécessaire (paracétamol) ;
• une préparation locale contenant un anesthésique de contact : lidocaïne en solution visqueuse ;
• une préparation locale ou des bains de bouche à base d’antiseptique (chlorhexidine) pour éviter une contamination par un germe en cas de terrain fragile (maladie chronique, déficience immunitaire…) ;
• éventuellement des corticoïdes, en application locale (par exemple clobétasol propionate en gel) au niveau de la bouche.

Dans les formes d'aphtes récidivantes, très sévères et invalidantes, un traitement  préventif des récidives est prescrit. Il permet de diminuer la fréquence des poussées d'aphtes. Le médicament le plus utilisé est la colchicine en comprimés. Le traitement des aphtes de la maladie de Behçet peut nécessiter la prise de  corticoïdes ou d'aprémilast en comprimés si la colchicine est inefficace ou mal tolérée.

Le traitement de la maladie en cause, lorsqu'elle existe, est indispensable pour assurer la disparition des aphtes :

• traitement d'une carence en fer, en vitamines ;
• prise en charge d'une maladie de Crohn ;
• régime sans gluten en cas de maladie cœliaque ;
• traitement court par corticoïdes lors d'un épisode de fièvre périodique – stomatite – pharyngite – adénopathie (PFAPA).

Les soins dentaires nécessaires doivent être faits pour éviter les traumatismes de la muqueuse de la bouche :

• traitement de caries ;
• réparation d'une dent fracturée ;
• réglage d'une prothèse dentaire ;
• adaptation d'un appareil d'orthodontie...